AvogadroLibs  1.91.0
Classes | Enumerations | Functions | Variables
Avogadro::Core Namespace Reference

Classes

class  Array
 Base class for array containers. More...
 
class  ArraySet
 Base class for array type containers. More...
 
class  Atom
 
class  AtomTemplate
 
class  AtomTyper
 The AtomTyper class provides a base interface for generating a list of type identifiers describing the atoms in a molecule. More...
 
class  AvoSpglib
 The AvoSpglib class provides an interface between Avogadro and Spglib. More...
 
class  BasisSet
 BasisSet contains basis set data. More...
 
class  Bond
 
class  BondTemplate
 
class  Color3f
 Representation of an RGB color using three floats. More...
 
class  CoordinateBlockGenerator
 The CoordinateBlockGenerator class creates an aligned, formatted block of atomic coordinates. More...
 
class  CoordinateSet
 Templated class for array type containers. More...
 
class  CrystalTools
 The CrystalTools class contains a collection of static functions that perform common crystallographic operations on a Core::Molecule. More...
 
class  Cube
 Provide a data structure for regularly spaced 3D grids. More...
 
class  Elements
 The Elements class stores basic data about chemical elements. More...
 
class  GaussianSet
 A container for Gaussian type outputs from QM codes. More...
 
class  GaussianSetTools
 Provide tools to calculate molecular orbitals, electron densities and other derived data stored in a GaussianSet result. More...
 
class  Graph
 The Graph class represents a graph data structure. More...
 
class  Mesh
 Encapsulation of a triangular mesh that makes up a surface. More...
 
class  Molecule
 The Molecule class represents a chemical molecule. More...
 
class  MoleculeDeserializer
 Implementation of ProtoCall::Serialization::Deserializer. More...
 
class  MoleculeSerializer
 Implementation of ProtoCall::Serialization::Serializer. More...
 
class  Mutex
 The Mutex class provides a simple wrapper for the C++11 or Boost mutex class. More...
 
class  NameAtomTyper
 The NameAtomTyper class is a simple implementation of AtomTyper that assigns element names to each atom. More...
 
class  Residue
 The Residue class represents a chemical residue, used commonly in the PDB format. More...
 
class  ResidueData
 
class  RingPerceiver
 
class  SlaterSet
 SlaterSet Class. More...
 
class  SlaterSetTools
 Provide tools to calculate molecular orbitals, electron densities and other derived data stored in a GaussianSet result. More...
 
class  SpaceGroups
 The Spacegroups class stores basic data about crystal spacegroups. More...
 
class  SymbolAtomTyper
 The SymbolAtomTyper class is a simple implementation of AtomTyper that assigns element symbols to each atom. More...
 
class  UnitCell
 The UnitCell class provides a representation of a crystal's unit cell. More...
 
class  Variant
 The Variant class represents a union of data values. More...
 
class  VariantMap
 The VariantMap class provides a map between string keys and variant values. More...
 

Enumerations

enum  AtomHybridization {
  PerceivedOctaheadral = -6,
  PerceivedTrigonalBipyramidal = -5,
  PerceivedSquarePlanar = -4,
  PerceivedSP3 = -3,
  PerceivedSP2 = -2,
  PerceivedSP = -1,
  HybridizationUnknown = 0,
  SP = 1,
  SP2 = 2,
  SP3 = 3,
  SquarePlanar = 4,
  TrigonalBipyramidal = 5,
  Octahedral = 6
}
 
enum  ScfType {
  Rhf,
  Uhf,
  Rohf,
  Unknown
}
 
enum  CrystalSystem {
  None,
  Triclinic,
  Monoclinic,
  Orthorhombic,
  Tetragonal,
  Trigonal,
  Rhombohedral,
  Hexagonal,
  Cubic
}
 

Functions

template<typename T >
bool operator== (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
bool operator!= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
bool operator< (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
bool operator> (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
bool operator<= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
bool operator>= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs)
 
template<typename T >
void swap (Array< T > &lhs, Array< T > &rhs)
 
bool isCustomElement (unsigned char atomicNumber)
 
static unsigned int atomValence (const unsigned char atomicNumber, const int charge, const unsigned int numBonds)
 
ResidueData ALAData ("ALA", { "CA", "N", "CB", "C", "O" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HB3", "CB" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData ARGData ("ARG", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH2", "NH1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE" }, { "NE", "CZ" }, { "CZ", "NH1" }, { "N", "H" }, { "HN", "N" }, { "NH1", "HH11" }, { "NH1", "HH12" }, { "NE", "HE" }, { "NH2", "HH21" }, { "NH2", "HH22" }, { "NH1", "HH1" }, { "NH2", "HH2" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" } }, { { "C", "O" }, { "CZ", "NH2" } })
 
ResidueData ARZData ("ARZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH2", "NH1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE" }, { "NE", "CZ" }, { "CZ", "NH2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "NH1", "HH1" }, { "NE", "HE" }, { "NH2", "HH21" }, { "NH2", "HH22" } }, { { "C", "O" }, { "CZ", "NH1" } })
 
ResidueData ASNData ("ASN", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "ND2", "HD21" }, { "ND2", "HD22" }, { "ND2", "HD2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD1" } })
 
ResidueData ASPData ("ASP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "OD2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "OD1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD2" } })
 
ResidueData ASHData ("ASH", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "OD2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "OD2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "OD2", "HD2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD1" } })
 
ResidueData CYSData ("CYS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "SG" }, { { "SG", "CB" }, { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "SG" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "SG", "HG" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData CYXData ("CYX", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "SG" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "SG" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData GLNData ("GLN", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "NE2", "HE21" }, { "NE2", "HE22" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } })
 
ResidueData GLUData ("GLU", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "OE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "OE2" }, { "N", "H" }, { "N", "H1" }, { "N", "H2" }, { "N", "H3" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } })
 
ResidueData GLYData ("GLY", { "CA", "N", "C", "O" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "C" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA1", "CA" }, { "HA2", "CA" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData GLZData ("GLZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "OE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "OE2" }, { "N", "H" }, { "OE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } })
 
ResidueData HIDData ("HID", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "ND1", "HD1" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "NE2", "CE1" } })
 
ResidueData HIEData ("HIE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "NE2", "CE1" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" } })
 
ResidueData HIPData ("HIP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "NE2", "CE1" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "ND1", "HD1" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" } })
 
ResidueData HISData ("HIS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "ND1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "ND1", "HD1" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "NE2", "CE1" } })
 
ResidueData ILEData ("ILE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "CG1", "CD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "CG1" }, { "CG1", "CD1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB", "CB" }, { "HG11", "CG1" }, { "HG12", "CG1" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" }, { "HD11", "CD1" }, { "HD12", "CD1" }, { "HD13", "CD1" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData LEUData ("LEU", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD1" }, { "CG", "CD2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD11", "CD1" }, { "HD12", "CD1" }, { "HD13", "CD1" }, { "HD21", "CD2" }, { "HD22", "CD2" }, { "HD23", "CD2" }, { "HG", "CG" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData LYSData ("LYS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "CE", "NZ" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "CE" }, { "CE", "NZ" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HE1", "CE" }, { "HE2", "CE" }, { "NZ", "HZ3" }, { "NZ", "HZ3" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ1" }, { "NZ", "HZ1" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData LYZData ("LYZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "CE", "NZ" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "CE" }, { "CE", "NZ" }, { "N", "H" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ1" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData METData ("MET", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "SD", "CE" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "SD" }, { "SD", "CE" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HE1", "CE" }, { "HE2", "CE" }, { "HE3", "CE" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData PHEData ("PHE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "HE2", "CE2" }, { "HZ", "CZ" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CE1", "CD1" } })
 
ResidueData PROData ("PRO", { "CA", "C", "CB", "N", "CD", "CG", "O" }, { { "CA", "C" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "N" }, { "N", "CD" }, { "CD", "CG" }, { "CG", "CB" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HA", "CA" }, { "HN", "N" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData PSEData ("PSE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG", "PD", "OE2", "OE3", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "OG", "PD" }, { "PD", "OE2" }, { "PD", "OE3" }, { "PD", "OE1" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData PSMData ("PSM", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG", "PD", "OE2", "OE3", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "OG", "PD" }, { "PD", "OE2" }, { "PD", "OE3" }, { "PD", "OE1" }, { "N", "H" }, { "OE3", "HE3" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData PTMData ("PTM", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1", "PQ", "OI3", "OI2", "OI1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "OH", "PQ" }, { "PQ", "OI3" }, { "PQ", "OI2" }, { "PQ", "OI1" }, { "N", "H" }, { "OI2", "HI2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } })
 
ResidueData PTYData ("PTY", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1", "PQ", "OI3", "OI2", "OI1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "OH", "PQ" }, { "PQ", "OI3" }, { "PQ", "OI2" }, { "PQ", "OI1" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } })
 
ResidueData SERData ("SER", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "OG", "HG" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData THRData ("THR", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "OG1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "OG1" }, { "N", "H" }, { "HN", "N" }, { "N", "H1" }, { "N", "H2" }, { "N", "H3" }, { "OG1", "HG1" }, { "OG1", "HG1" }, { "HB", "CB" }, { "HA", "CA" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData TRPData ("TRP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE3", "CE2", "CZ2", "NE1", "CH2", "CZ3" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CD2", "CE2" }, { "CE2", "NE1" }, { "NE1", "CD1" }, { "CZ2", "CH2" }, { "CZ3", "CE3" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HE1", "CE1" }, { "HZ2", "CZ2" }, { "HZ3", "CZ3" }, { "HE3", "CE3" }, { "HH2", "CH2" }, { "NE1", "HE1" }, { "NE1", "HE1" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE3" }, { "CE2", "CZ2" }, { "CH2", "CZ3" } })
 
ResidueData TYRData ("TYR", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "N", "H" }, { "OH", "HH" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "HE2", "CE2" }, { "HZ", "CZ" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } })
 
ResidueData VALData ("VAL", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "CG1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "CG1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB", "CB" }, { "HG11", "CG1" }, { "HG12", "CG1" }, { "HG13", "CG1" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" } }, { { "C", "O" } })
 
ResidueData TIPData ("TIP", { "OH2" }, { { "OH2", "H1" }, { "OH2", "H2" } }, {})
 
ResidueData HOHData ("HOH", { "O", "H1", "H2" }, { { "O", "H1" }, { "O", "H2" } }, {})
 
ResidueData WATData ("WAT", { "O", "H1", "H2" }, { { "O", "H1" }, { "O", "H2" } }, {})
 
ResidueData INHData ("INH", { "P", "O1P", "O2P", "O3P", "O5", "C5", "C4", "O4", "C3", "C1", "O3", "C2", "O2", "N9", "C8", "N7", "C6", "O6", "N1", "N3" }, { { "P", "O2P" }, { "P", "O3P" }, { "P", "O5" }, { "O5", "C5" }, { "C5", "C4" }, { "C4", "O4" }, { "C4", "C3" }, { "O4", "C1" }, { "C3", "O3" }, { "C3", "C2" }, { "O3", "H1" }, { "C2", "O2" }, { "C2", "C1" }, { "O2", "H2" }, { "C1", "N9" }, { "N9", "C8" }, { "N9", "C4" }, { "N7", "C5" }, { "C5", "C6" }, { "C6", "N1" }, { "N1", "C2" }, { "N1", "H3" }, { "N3", "C4" } }, { { "P", "O1P" }, { "C8", "N7" }, { "C6", "O6" }, { "C2", "N3" } })
 
ResidueData UMPData ("UMP", { "N1", "C2", "C6", "C1", "N3", "O2", "C4", "C5", "O4", "C3", "O3", "O5", "P", "O1P", "O2P", "O3P" }, { { "N1", "C2" }, { "N1", "C6" }, { "N1", "C1" }, { "C2", "N3" }, { "C2", "O2" }, { "C2", "H5" }, { "N3", "C4" }, { "N3", "H1" }, { "C4", "C5" }, { "C4", "O4" }, { "C4", "H6" }, { "C5", "C6" }, { "C5", "H7" }, { "C5", "H8" }, { "C6", "H9" }, { "C6", "H10" }, { "O2", "H2" }, { "O4", "H3" }, { "C1", "C2" }, { "C1", "O4" }, { "C1", "H11" }, { "C2", "C3" }, { "C2", "H12" }, { "C2", "H13" }, { "C3", "C4" }, { "C3", "O3" }, { "C3", "H14" }, { "C4", "H15" }, { "O3", "H4" }, { "C5", "O5" }, { "C5", "H16" }, { "C5", "H17" }, { "O5", "P" } }, { { "P", "O1P" }, { "P", "O2P" }, { "P", "O3P" } })
 
ResidueData HEDData ("HED", { "C1", "O1", "C2", "S3", "S4", "C5", "C6", "O6" }, { { "C1", "C2" }, { "C2", "S3" }, { "S3", "S4" }, { "S4", "C5" }, { "C5", "C6" } }, { { "C1", "O1" }, { "C6", "O6" } })
 
void swap (UnitCell &lhs, UnitCell &rhs)
 
std::vector< std::string > split (const std::string &string, char delimiter, bool skipEmpty=true)
 Split the supplied string by the delimiter. More...
 
bool contains (const std::string &input, const std::string &search)
 Search the input string for the search string. More...
 
bool startsWith (const std::string &input, const std::string &search)
 Efficient method to confirm input starts with the search string. More...
 
std::string trimmed (const std::string &input)
 Trim a string of whitespace from the left and right.
 
template<typename T >
lexicalCast (const std::string &inputString)
 Cast the inputString to the specified type. More...
 
template<typename T >
lexicalCast (const std::string &inputString, bool &ok)
 Cast the inputString to the specified type. More...
 

Variables

unsigned char element_count = 119
 
const char * element_symbols []
 
const char * element_names []
 
double element_masses []
 
double element_VDW []
 
double element_covalent []
 
unsigned char element_color [][3]
 
std::map< std::string, ResidueDataresidueDict
 
const unsigned short space_group_international_number []
 
const char * space_group_schoenflies []
 
const char * space_group_hall_symbol []
 
const char * space_group_international []
 
const char * space_group_international_full []
 
const char * space_group_international_short []
 
const char * space_group_setting []
 
const char * space_group_transforms []
 

Detailed Description

Returns
True if atomicNumber denotes a custom element type.

Enumeration Type Documentation

◆ ScfType

enum ScfType

Enumeration of the SCF type.

◆ CrystalSystem

Enumeration of the crystal system.

Function Documentation

◆ atomValence()

static unsigned int Avogadro::Core::atomValence ( const unsigned char  atomicNumber,
const int  charge,
const unsigned int  numBonds 
)
static

Calculate the full valency (e.g. number of expected bonds) for a given atom. This function is adapted from the MDL valence model to indicate when an atom is overbonded.

Parameters
atomicNumberAtomic number of atom.
chargeFormal charge of atom.
numBondsNumber of existing bonds to atom.
Returns
The total number of expected bonds to the atom to satisfy valency. May be less than numBonds if atom is overbonded.

◆ split()

std::vector<std::string> Avogadro::Core::split ( const std::string &  string,
char  delimiter,
bool  skipEmpty = true 
)
Parameters
stringThe string to be split up.
delimiterThe delimiter to split the string by.
skipEmptyIf true any empty items will be skipped.
Returns
A vector containing the items.

◆ contains()

bool Avogadro::Core::contains ( const std::string &  input,
const std::string &  search 
)
Parameters
inputString to be examined.
searchString that will be searched for.
Returns
True if the string contains search, false otherwise.

◆ startsWith()

bool Avogadro::Core::startsWith ( const std::string &  input,
const std::string &  search 
)
Parameters
inputString to be examined.
searchString that will be searched for.
Returns
True if the string starts with search, false otherwise.

◆ lexicalCast() [1/2]

T Avogadro::Core::lexicalCast ( const std::string &  inputString)
Parameters
inputStringString to cast to the specified type.

◆ lexicalCast() [2/2]

T Avogadro::Core::lexicalCast ( const std::string &  inputString,
bool &  ok 
)
Parameters
inputStringString to cast to the specified type.
okSet to true on success, and false if the string could not be converted to the specified type.

Variable Documentation

◆ element_symbols

const char* element_symbols[]
Initial value:
= {
"Xx", "H", "He", "Li", "Be", "B", "C", "N", "O", "F", "Ne", "Na",
"Mg", "Al", "Si", "P", "S", "Cl", "Ar", "K", "Ca", "Sc", "Ti", "V",
"Cr", "Mn", "Fe", "Co", "Ni", "Cu", "Zn", "Ga", "Ge", "As", "Se", "Br",
"Kr", "Rb", "Sr", "Y", "Zr", "Nb", "Mo", "Tc", "Ru", "Rh", "Pd", "Ag",
"Cd", "In", "Sn", "Sb", "Te", "I", "Xe", "Cs", "Ba", "La", "Ce", "Pr",
"Nd", "Pm", "Sm", "Eu", "Gd", "Tb", "Dy", "Ho", "Er", "Tm", "Yb", "Lu",
"Hf", "Ta", "W", "Re", "Os", "Ir", "Pt", "Au", "Hg", "Tl", "Pb", "Bi",
"Po", "At", "Rn", "Fr", "Ra", "Ac", "Th", "Pa", "U", "Np", "Pu", "Am",
"Cm", "Bk", "Cf", "Es", "Fm", "Md", "No", "Lr", "Rf", "Db", "Sg", "Bh",
"Hs", "Mt", "Ds", "Rg", "Cn", "Nh", "Fl", "Mc", "Lv", "Ts", "Og"
}

◆ element_names

const char* element_names[]
Initial value:
= {
"Dummy", "Hydrogen", "Helium", "Lithium", "Beryllium",
"Boron", "Carbon", "Nitrogen", "Oxygen", "Fluorine",
"Neon", "Sodium", "Magnesium", "Aluminium", "Silicon",
"Phosphorus", "Sulfur", "Chlorine", "Argon", "Potassium",
"Calcium", "Scandium", "Titanium", "Vanadium", "Chromium",
"Manganese", "Iron", "Cobalt", "Nickel", "Copper",
"Zinc", "Gallium", "Germanium", "Arsenic", "Selenium",
"Bromine", "Krypton", "Rubidium", "Strontium", "Yttrium",
"Zirconium", "Niobium", "Molybdenum", "Technetium", "Ruthenium",
"Rhodium", "Palladium", "Silver", "Cadmium", "Indium",
"Tin", "Antimony", "Tellurium", "Iodine", "Xenon",
"Caesium", "Barium", "Lanthanum", "Cerium", "Praseodymium",
"Neodymium", "Promethium", "Samarium", "Europium", "Gadolinium",
"Terbium", "Dysprosium", "Holmium", "Erbium", "Thulium",
"Ytterbium", "Lutetium", "Hafnium", "Tantalum", "Tungsten",
"Rhenium", "Osmium", "Iridium", "Platinum", "Gold",
"Mercury", "Thallium", "Lead", "Bismuth", "Polonium",
"Astatine", "Radon", "Francium", "Radium", "Actinium",
"Thorium", "Protactinium", "Uranium", "Neptunium", "Plutonium",
"Americium", "Curium", "Berkelium", "Californium", "Einsteinium",
"Fermium", "Mendelevium", "Nobelium", "Lawrencium", "Rutherfordium",
"Dubnium", "Seaborgium", "Bohrium", "Hassium", "Meitnerium",
"Darmstadtium", "Roentgenium", "Copernicium", "Nihonium", "Flerovium",
"Moscovium", "Livermorium", "Tennessine", "Oganesson"
}

◆ element_masses

double element_masses[]
Initial value:
= {
0, 1.00784, 4.0026, 6.938, 9.01218, 10.806, 12.011, 14.006,
15.9994, 18.9984, 20.1797, 22.9898, 24.305, 26.9815, 28.0855, 30.9738,
32.065, 35.453, 39.948, 39.0983, 40.078, 44.9559, 47.867, 50.9415,
51.9961, 54.938, 55.845, 58.9332, 58.6934, 63.546, 65.38, 69.723,
72.64, 74.9216, 78.971, 79.904, 83.798, 85.4678, 87.62, 88.9058,
91.224, 92.9064, 95.95, 97, 101.07, 102.9055, 106.42, 107.8682,
112.414, 114.818, 118.71, 121.76, 127.6, 126.9045, 131.293, 132.9055,
137.327, 138.9055, 140.116, 140.9077, 144.242, 145, 150.36, 151.964,
157.25, 158.9253, 162.5, 164.9303, 167.259, 168.9342, 173.045, 174.9668,
178.49, 180.9479, 183.84, 186.207, 190.23, 192.217, 195.084, 196.9666,
200.592, 204.38, 207.2, 208.9804, 209, 210, 222, 223,
226, 227, 232.0377, 231.0358, 238.0289, 237, 244, 243,
247, 247, 251, 252, 257, 258, 259, 262,
267, 270, 269, 270, 270, 278, 281, 281,
285, 286, 289, 289, 293, 293, 294
}

◆ residueDict

std::map<std::string, ResidueData> residueDict
Initial value:
= {
{ "ALA", ALAData }, { "ARG", ARGData }, { "ARZ", ARZData },
{ "ASN", ASNData }, { "ASP", ASPData }, { "ASH", ASHData },
{ "CYS", CYSData }, { "CYX", CYXData }, { "GLN", GLNData },
{ "GLU", GLUData }, { "GLY", GLYData }, { "GLZ", GLZData },
{ "HID", HIDData }, { "HIE", HIEData }, { "HIP", HIPData },
{ "HIS", HISData }, { "ILE", ILEData }, { "LEU", LEUData },
{ "LYS", LYSData }, { "LYZ", LYZData }, { "MET", METData },
{ "PHE", PHEData }, { "PRO", PROData }, { "PSE", PSEData },
{ "PSM", PSMData }, { "PTM", PTMData }, { "PTY", PTYData },
{ "SER", SERData }, { "THR", THRData }, { "TRP", TRPData },
{ "TYR", TYRData }, { "VAL", VALData }, { "TIP", TIPData },
{ "HOH", HOHData }, { "WAT", WATData }, { "INH", INHData },
{ "UMP", UMPData }, { "HED", HEDData }
}