AvogadroLibs
1.91.0
|
Classes | |
class | Array |
Base class for array containers. More... | |
class | ArraySet |
Base class for array type containers. More... | |
class | Atom |
class | AtomTemplate |
class | AtomTyper |
The AtomTyper class provides a base interface for generating a list of type identifiers describing the atoms in a molecule. More... | |
class | AvoSpglib |
The AvoSpglib class provides an interface between Avogadro and Spglib. More... | |
class | BasisSet |
BasisSet contains basis set data. More... | |
class | Bond |
class | BondTemplate |
class | Color3f |
Representation of an RGB color using three floats. More... | |
class | CoordinateBlockGenerator |
The CoordinateBlockGenerator class creates an aligned, formatted block of atomic coordinates. More... | |
class | CoordinateSet |
Templated class for array type containers. More... | |
class | CrystalTools |
The CrystalTools class contains a collection of static functions that perform common crystallographic operations on a Core::Molecule. More... | |
class | Cube |
Provide a data structure for regularly spaced 3D grids. More... | |
class | Elements |
The Elements class stores basic data about chemical elements. More... | |
class | GaussianSet |
A container for Gaussian type outputs from QM codes. More... | |
class | GaussianSetTools |
Provide tools to calculate molecular orbitals, electron densities and other derived data stored in a GaussianSet result. More... | |
class | Graph |
The Graph class represents a graph data structure. More... | |
class | Mesh |
Encapsulation of a triangular mesh that makes up a surface. More... | |
class | Molecule |
The Molecule class represents a chemical molecule. More... | |
class | MoleculeDeserializer |
Implementation of ProtoCall::Serialization::Deserializer. More... | |
class | MoleculeSerializer |
Implementation of ProtoCall::Serialization::Serializer. More... | |
class | Mutex |
The Mutex class provides a simple wrapper for the C++11 or Boost mutex class. More... | |
class | NameAtomTyper |
The NameAtomTyper class is a simple implementation of AtomTyper that assigns element names to each atom. More... | |
class | Residue |
The Residue class represents a chemical residue, used commonly in the PDB format. More... | |
class | ResidueData |
class | RingPerceiver |
class | SlaterSet |
SlaterSet Class. More... | |
class | SlaterSetTools |
Provide tools to calculate molecular orbitals, electron densities and other derived data stored in a GaussianSet result. More... | |
class | SpaceGroups |
The Spacegroups class stores basic data about crystal spacegroups. More... | |
class | SymbolAtomTyper |
The SymbolAtomTyper class is a simple implementation of AtomTyper that assigns element symbols to each atom. More... | |
class | UnitCell |
The UnitCell class provides a representation of a crystal's unit cell. More... | |
class | Variant |
The Variant class represents a union of data values. More... | |
class | VariantMap |
The VariantMap class provides a map between string keys and variant values. More... | |
Enumerations | |
enum | AtomHybridization { PerceivedOctaheadral = -6, PerceivedTrigonalBipyramidal = -5, PerceivedSquarePlanar = -4, PerceivedSP3 = -3, PerceivedSP2 = -2, PerceivedSP = -1, HybridizationUnknown = 0, SP = 1, SP2 = 2, SP3 = 3, SquarePlanar = 4, TrigonalBipyramidal = 5, Octahedral = 6 } |
enum | ScfType { Rhf, Uhf, Rohf, Unknown } |
enum | CrystalSystem { None, Triclinic, Monoclinic, Orthorhombic, Tetragonal, Trigonal, Rhombohedral, Hexagonal, Cubic } |
Functions | |
template<typename T > | |
bool | operator== (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
bool | operator!= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
bool | operator< (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
bool | operator> (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
bool | operator<= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
bool | operator>= (const Array< T > &lhs, const Array< T > &rhs) |
template<typename T > | |
void | swap (Array< T > &lhs, Array< T > &rhs) |
bool | isCustomElement (unsigned char atomicNumber) |
static unsigned int | atomValence (const unsigned char atomicNumber, const int charge, const unsigned int numBonds) |
ResidueData | ALAData ("ALA", { "CA", "N", "CB", "C", "O" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HB3", "CB" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | ARGData ("ARG", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH2", "NH1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE" }, { "NE", "CZ" }, { "CZ", "NH1" }, { "N", "H" }, { "HN", "N" }, { "NH1", "HH11" }, { "NH1", "HH12" }, { "NE", "HE" }, { "NH2", "HH21" }, { "NH2", "HH22" }, { "NH1", "HH1" }, { "NH2", "HH2" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" } }, { { "C", "O" }, { "CZ", "NH2" } }) |
ResidueData | ARZData ("ARZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH2", "NH1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE" }, { "NE", "CZ" }, { "CZ", "NH2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "NH1", "HH1" }, { "NE", "HE" }, { "NH2", "HH21" }, { "NH2", "HH22" } }, { { "C", "O" }, { "CZ", "NH1" } }) |
ResidueData | ASNData ("ASN", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "ND2", "HD21" }, { "ND2", "HD22" }, { "ND2", "HD2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD1" } }) |
ResidueData | ASPData ("ASP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "OD2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "OD1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD2" } }) |
ResidueData | ASHData ("ASH", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "OD2", "OD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "OD2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "OD2", "HD2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "OD1" } }) |
ResidueData | CYSData ("CYS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "SG" }, { { "SG", "CB" }, { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "SG" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "SG", "HG" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | CYXData ("CYX", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "SG" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "SG" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | GLNData ("GLN", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "NE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "NE2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "NE2", "HE21" }, { "NE2", "HE22" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } }) |
ResidueData | GLUData ("GLU", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "OE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "OE2" }, { "N", "H" }, { "N", "H1" }, { "N", "H2" }, { "N", "H3" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } }) |
ResidueData | GLYData ("GLY", { "CA", "N", "C", "O" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "C" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA1", "CA" }, { "HA2", "CA" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | GLZData ("GLZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "OE2", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "OE2" }, { "N", "H" }, { "OE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CD", "OE1" } }) |
ResidueData | HIDData ("HID", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "ND1", "HD1" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "NE2", "CE1" } }) |
ResidueData | HIEData ("HIE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "NE2", "CE1" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" } }) |
ResidueData | HIPData ("HIP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "NE2", "CE1" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "ND1", "HD1" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" } }) |
ResidueData | HISData ("HIS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "ND1", "CD2", "NE2", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "ND1" }, { "CD2", "NE2" }, { "CE1", "ND1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "ND1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "ND1", "HD1" }, { "NE2", "HE2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "NE2", "CE1" } }) |
ResidueData | ILEData ("ILE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "CG1", "CD1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "CG1" }, { "CG1", "CD1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "CA", "HA" }, { "HB", "CB" }, { "HG11", "CG1" }, { "HG12", "CG1" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" }, { "HD11", "CD1" }, { "HD12", "CD1" }, { "HD13", "CD1" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | LEUData ("LEU", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD1" }, { "CG", "CD2" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD11", "CD1" }, { "HD12", "CD1" }, { "HD13", "CD1" }, { "HD21", "CD2" }, { "HD22", "CD2" }, { "HD23", "CD2" }, { "HG", "CG" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | LYSData ("LYS", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "CE", "NZ" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "CE" }, { "CE", "NZ" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HE1", "CE" }, { "HE2", "CE" }, { "NZ", "HZ3" }, { "NZ", "HZ3" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ1" }, { "NZ", "HZ1" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | LYZData ("LYZ", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD", "CE", "NZ" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD" }, { "CD", "CE" }, { "CE", "NZ" }, { "N", "H" }, { "NZ", "HZ2" }, { "NZ", "HZ1" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | METData ("MET", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "SD", "CE" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "SD" }, { "SD", "CE" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HE1", "CE" }, { "HE2", "CE" }, { "HE3", "CE" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | PHEData ("PHE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "HE2", "CE2" }, { "HZ", "CZ" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CE1", "CD1" } }) |
ResidueData | PROData ("PRO", { "CA", "C", "CB", "N", "CD", "CG", "O" }, { { "CA", "C" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "N" }, { "N", "CD" }, { "CD", "CG" }, { "CG", "CB" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HG1", "CG" }, { "HG2", "CG" }, { "HD1", "CD" }, { "HD2", "CD" }, { "HA", "CA" }, { "HN", "N" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | PSEData ("PSE", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG", "PD", "OE2", "OE3", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "OG", "PD" }, { "PD", "OE2" }, { "PD", "OE3" }, { "PD", "OE1" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | PSMData ("PSM", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG", "PD", "OE2", "OE3", "OE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "OG", "PD" }, { "PD", "OE2" }, { "PD", "OE3" }, { "PD", "OE1" }, { "N", "H" }, { "OE3", "HE3" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | PTMData ("PTM", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1", "PQ", "OI3", "OI2", "OI1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "OH", "PQ" }, { "PQ", "OI3" }, { "PQ", "OI2" }, { "PQ", "OI1" }, { "N", "H" }, { "OI2", "HI2" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } }) |
ResidueData | PTYData ("PTY", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1", "PQ", "OI3", "OI2", "OI1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "OH", "PQ" }, { "PQ", "OI3" }, { "PQ", "OI2" }, { "PQ", "OI1" }, { "N", "H" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } }) |
ResidueData | SERData ("SER", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "OG" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "OG" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "OG", "HG" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | THRData ("THR", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "OG1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "OG1" }, { "N", "H" }, { "HN", "N" }, { "N", "H1" }, { "N", "H2" }, { "N", "H3" }, { "OG1", "HG1" }, { "OG1", "HG1" }, { "HB", "CB" }, { "HA", "CA" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | TRPData ("TRP", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE3", "CE2", "CZ2", "NE1", "CH2", "CZ3" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CD2", "CE2" }, { "CE2", "NE1" }, { "NE1", "CD1" }, { "CZ2", "CH2" }, { "CZ3", "CE3" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HE1", "CE1" }, { "HZ2", "CZ2" }, { "HZ3", "CZ3" }, { "HE3", "CE3" }, { "HH2", "CH2" }, { "NE1", "HE1" }, { "NE1", "HE1" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE3" }, { "CE2", "CZ2" }, { "CH2", "CZ3" } }) |
ResidueData | TYRData ("TYR", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG", "CD1", "CD2", "CE2", "CZ", "OH", "CE1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG" }, { "CG", "CD2" }, { "CE2", "CZ" }, { "CZ", "OH" }, { "CE1", "CD1" }, { "N", "H" }, { "OH", "HH" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB1", "CB" }, { "HB2", "CB" }, { "HD1", "CD1" }, { "HD2", "CD2" }, { "HE1", "CE1" }, { "HE2", "CE2" }, { "HZ", "CZ" } }, { { "C", "O" }, { "CG", "CD1" }, { "CD2", "CE2" }, { "CZ", "CE1" } }) |
ResidueData | VALData ("VAL", { "CA", "N", "CB", "C", "O", "CG2", "CG1" }, { { "CA", "N" }, { "CA", "CB" }, { "CA", "C" }, { "CB", "CG2" }, { "CB", "CG1" }, { "N", "H" }, { "N", "HN" }, { "HA", "CA" }, { "HB", "CB" }, { "HG11", "CG1" }, { "HG12", "CG1" }, { "HG13", "CG1" }, { "HG21", "CG2" }, { "HG22", "CG2" }, { "HG23", "CG2" } }, { { "C", "O" } }) |
ResidueData | TIPData ("TIP", { "OH2" }, { { "OH2", "H1" }, { "OH2", "H2" } }, {}) |
ResidueData | HOHData ("HOH", { "O", "H1", "H2" }, { { "O", "H1" }, { "O", "H2" } }, {}) |
ResidueData | WATData ("WAT", { "O", "H1", "H2" }, { { "O", "H1" }, { "O", "H2" } }, {}) |
ResidueData | INHData ("INH", { "P", "O1P", "O2P", "O3P", "O5", "C5", "C4", "O4", "C3", "C1", "O3", "C2", "O2", "N9", "C8", "N7", "C6", "O6", "N1", "N3" }, { { "P", "O2P" }, { "P", "O3P" }, { "P", "O5" }, { "O5", "C5" }, { "C5", "C4" }, { "C4", "O4" }, { "C4", "C3" }, { "O4", "C1" }, { "C3", "O3" }, { "C3", "C2" }, { "O3", "H1" }, { "C2", "O2" }, { "C2", "C1" }, { "O2", "H2" }, { "C1", "N9" }, { "N9", "C8" }, { "N9", "C4" }, { "N7", "C5" }, { "C5", "C6" }, { "C6", "N1" }, { "N1", "C2" }, { "N1", "H3" }, { "N3", "C4" } }, { { "P", "O1P" }, { "C8", "N7" }, { "C6", "O6" }, { "C2", "N3" } }) |
ResidueData | UMPData ("UMP", { "N1", "C2", "C6", "C1", "N3", "O2", "C4", "C5", "O4", "C3", "O3", "O5", "P", "O1P", "O2P", "O3P" }, { { "N1", "C2" }, { "N1", "C6" }, { "N1", "C1" }, { "C2", "N3" }, { "C2", "O2" }, { "C2", "H5" }, { "N3", "C4" }, { "N3", "H1" }, { "C4", "C5" }, { "C4", "O4" }, { "C4", "H6" }, { "C5", "C6" }, { "C5", "H7" }, { "C5", "H8" }, { "C6", "H9" }, { "C6", "H10" }, { "O2", "H2" }, { "O4", "H3" }, { "C1", "C2" }, { "C1", "O4" }, { "C1", "H11" }, { "C2", "C3" }, { "C2", "H12" }, { "C2", "H13" }, { "C3", "C4" }, { "C3", "O3" }, { "C3", "H14" }, { "C4", "H15" }, { "O3", "H4" }, { "C5", "O5" }, { "C5", "H16" }, { "C5", "H17" }, { "O5", "P" } }, { { "P", "O1P" }, { "P", "O2P" }, { "P", "O3P" } }) |
ResidueData | HEDData ("HED", { "C1", "O1", "C2", "S3", "S4", "C5", "C6", "O6" }, { { "C1", "C2" }, { "C2", "S3" }, { "S3", "S4" }, { "S4", "C5" }, { "C5", "C6" } }, { { "C1", "O1" }, { "C6", "O6" } }) |
void | swap (UnitCell &lhs, UnitCell &rhs) |
std::vector< std::string > | split (const std::string &string, char delimiter, bool skipEmpty=true) |
Split the supplied string by the delimiter . More... | |
bool | contains (const std::string &input, const std::string &search) |
Search the input string for the search string. More... | |
bool | startsWith (const std::string &input, const std::string &search) |
Efficient method to confirm input starts with the search string. More... | |
std::string | trimmed (const std::string &input) |
Trim a string of whitespace from the left and right. | |
template<typename T > | |
T | lexicalCast (const std::string &inputString) |
Cast the inputString to the specified type. More... | |
template<typename T > | |
T | lexicalCast (const std::string &inputString, bool &ok) |
Cast the inputString to the specified type. More... | |
Variables | |
unsigned char | element_count = 119 |
const char * | element_symbols [] |
const char * | element_names [] |
double | element_masses [] |
double | element_VDW [] |
double | element_covalent [] |
unsigned char | element_color [][3] |
std::map< std::string, ResidueData > | residueDict |
const unsigned short | space_group_international_number [] |
const char * | space_group_schoenflies [] |
const char * | space_group_hall_symbol [] |
const char * | space_group_international [] |
const char * | space_group_international_full [] |
const char * | space_group_international_short [] |
const char * | space_group_setting [] |
const char * | space_group_transforms [] |
enum ScfType |
Enumeration of the SCF type.
enum CrystalSystem |
Enumeration of the crystal system.
|
static |
Calculate the full valency (e.g. number of expected bonds) for a given atom. This function is adapted from the MDL valence model to indicate when an atom is overbonded.
atomicNumber | Atomic number of atom. |
charge | Formal charge of atom. |
numBonds | Number of existing bonds to atom. |
std::vector<std::string> Avogadro::Core::split | ( | const std::string & | string, |
char | delimiter, | ||
bool | skipEmpty = true |
||
) |
string | The string to be split up. |
delimiter | The delimiter to split the string by. |
skipEmpty | If true any empty items will be skipped. |
bool Avogadro::Core::contains | ( | const std::string & | input, |
const std::string & | search | ||
) |
input | String to be examined. |
search | String that will be searched for. |
bool Avogadro::Core::startsWith | ( | const std::string & | input, |
const std::string & | search | ||
) |
input | String to be examined. |
search | String that will be searched for. |
T Avogadro::Core::lexicalCast | ( | const std::string & | inputString | ) |
inputString | String to cast to the specified type. |
T Avogadro::Core::lexicalCast | ( | const std::string & | inputString, |
bool & | ok | ||
) |
inputString | String to cast to the specified type. |
ok | Set to true on success, and false if the string could not be converted to the specified type. |
const char* element_symbols[] |
const char* element_names[] |
double element_masses[] |
std::map<std::string, ResidueData> residueDict |